備案申請の場合、境内責任人と授権書を取り交わすが、取り交わす日本側企業は 化粧品の製造業者でなければいかないのか？

第三者は申請者となり得ず、少なくとも製品の製造・販売に関わっている必要があります。
一般的には、製品のラベルに記載されている販売元、発売元、製造販売元に記載されている名義人が申請者になれると考えられます。
(wwip/h)